Sesuai dengan visi SMP Pangudi Luhur 1 Yogyakarta yaitu "Pusat Berkembangnya Pribadi Beriman, Berkualitas, Berbudi Pekerti Luhur, Humanis dan Peduli Lingkungan, maka sekolah memberi perhatian serius pada kegiatan ekstrakurikuler agar peserta didik mampu mengembangkan dirinya. Sekolah memberikan kesempatan dan pilihan kegiatan ekstrakulikuler dan kegiatan pengembangan diri yang cukup beragam agar peserta didik semakin dapat mengembangkan talentanya.
Kegiatan ekstrakurikuler dan pengembangan diri di SMP Pangudi Luhur 1 Yogyakarta antara lain :
- Pramuka
- Bahasa Inggris
- Jurnalistik
- Pendampingan OSN
- Tae Kwon Do
- Karya Ilmiah Remaja
- Internet
- Basket
- Sepakbola
- Futsal
- Kerawitan
- Badminton
- Koor / Paduan Suara
- Pleton Inti
- Robotika
- Pemrograman Komputer
- Elektronika
- Renang
- PMR
- Espeelsa Campus Ministry
- Ansamble Music
- Fotografi
- Cheerleader
- Dance
- Band